3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。时光流转，在地球和平同盟TPU紧急组建精英小组GUTS-SELECT时，主人公真中剑悟正在刚刚开拓的火星上作为植物学家安稳地生活着。但是有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了安稳宁静的生活。